"הפינגווינים ממדגסקר" הינה סדרת אנימציה ממוחשבת המבוססת על סרטי האנימציה שוברי הקופות. עלילת הסדרה מתחילה במקום בו עצר הסרט השני ועוקבת אחר הפרתקאותיהם של ארבעת הפינגווינים: קפטן, מנהיגם של הפנגווינים המחזיק בחיבה מיוחדת לקפה עם דג. קובלסקי, האסטרטג האנליטי של הקבוצה, טוראי, הטירון הרגיש. וריקו, המומחה לנשק ולנפצים המתקשר באמצעות גניחות וילללות. ארבעת החברים, המבצעים יחדיו משימות שונות ומשונות על מנת להגן על ביתם בגן החיות של סנטרל פארק, זוכים לאופוזיציה מתמדת מצד שלישייה של למורים: ג'וליאן, מורט ומוריס המאמינים כי גו'ליאן הוא שליטו הבלעדי של גן החיות.