סיקור: המשחק ממשיך את אירועי המשחק הקודם: דזמונד נמצא בקומה אחרי שהרג את לוסי סטילמן. בינתיים, רבקה קריין וביל מיילס (אביו של דזמונד) מחכים, בזמן ששון הסטינגס נותר ברומא לטקס הקבורה של לוסי סטילמן, שנהרגה על ידי דזמונד במשחק הקודם. ביל אומר שדזמונד צריך להשאר באנימוס, משום שזה משאיר אותו בחיים. דזמונד מגיע לאזור שנקרא "החדר השחור", שהוא סוג של "כספת" באנימוס. בתוך החדר השחור, דזמונד פוגש את גרסת המחשב של קליי קאז'מארק, שהוא "נבדק מספר 16" קליי מספר לדזמונד שכרגע הוא בסכנה מתמדת מאחר שיותר מידי "רוחות" מסתובבות בראשו, ועל מנת לסיים את כל זה, דזמונד חייב לחיות את הזכרונות האחרונים של אציו. המשחק יכלול את כל שלוש הדמויות העיקריות בסדרה עד כה: אלטאיר איבן לאחאד, אציו אודיטורה דה פירנצה ואת דזמונד מיילס. הסיפור ייקח את אציו לטורקיה, לעיר קונסטנטינופול (איסטנבול כיום) בשנת 1511 לספירה, ובה ארבעה מחוזות: קונסטנטין, ביאזיד, הקיסרית, ולאחר גלאטה; קפדוקיה בשיאה של האימפריה העות'מאנית, ומסייף (כפר סורי), מרכז המתנקשים הישן שאליו אציו נוסע בתחילת המשחק. אציו מגלה שאלטאיר אטם בתוך המצודה העתיקה חפץ שאמור להיות בו הנשק החזק בעולם אשר יכול להביא לסופה של המלחמה בין הטמפלרים והמתנקשים, והמפתחות מוסתרים בקונסטנטינופול. אציו משתמש בשרידים של הציוויליזציה הראשונה שמאפשרים לו לראות את החוויות של אביו הקדמון, אלטאיר. במהלך המשחק השחקנים ישלטו באלטאיר ובאציו. במשחק יימשך גם הסיפור של דזמונד, בעקבות האירועים של Assassin's Creed: Brotherhood הוא יהיה לכוד בתוך האנימוס, בתרדמת, במקום המכונה "החדר השחור". בחדר השחור דזמונד יהיה חייב לנסות לאסוף את חתיכות התת-מודע שלו ולחברם כדי לחזור להכרה.